Citrus Research & Technology
https://citrusrt.ccsm.br/article/doi/10.5935/2236-3122.20130006
Citrus Research & Technology
Article

Genetic variability in Citrus sp., related genera and hybrids from germplasm collection evaluated by random amplified polymorphic DNA (RAPD)  

Variabilidade genética em Citrus sp, gêneros relacionados e híbridos de uma coleção de germoplasma avaliada por meio de marcadores moleculares RAPD

Ana Y. Ciampi, Valdenice M. Novelli, Marinês Bastianel, Catalina R. Lopes, Mariângela Cristofani-Yaly and Marcos A. Machado

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Abstract

The tools of molecular biology have enabled the improvement of citrus with significant reduction in identification and selection of new materials, and are usually preferred for genetic diversity assessment, population genetic structure and mapping. Relationships among 24 accessions of Citrus species, related genera and hybrids were investigated using random amplified polymorphic DNA (RAPD). A dendrogram based on the unweighted pair-group method for the arithmetic mean method was constructed using a similarity matrix derived from 96 polymorphic RAPD fragments. High polymorphism was detected among the accessions and the number of fragments/primer/accession ranged from 2 to 8. Accession-specific DNA fragments were observed for Murraya and Feroniella oblata. Within the subtribe Citrinae, the genera Poncirus, Microcitrus, Severinia and Atalantia were more distant from Citrus, and Fortunella was the most closely related. The Citrus species clustered in one group, including possible hybrid species, and the data did not support a separation into the subgenera Citrus and Papeda. Although RAPD technique sometimes has been criticized, it still can be used with successfully and this study confirmed these markers are useful and efficient for analysis of variability in citrus species. The information generated will be important for breeding programs using citrus germplasm.
 

Keywords

 Aurantioideae, DNA polymorphism, germplasm characterization, molecular markers.

Resumo

As ferramentas de biologia molecular têm auxiliado sobremaneira o melhoramento de citros, com uma redução significativa na identificação e no ciclo de seleção de novos materiais, e são preferidos para análise de diversidade genética e mapeamento de populaçõesAs relações genéticas entre 24 acessos de diferentes espécies de citros, gêneros afins e híbridos foram investigadas por meio de polimorfismo de DNA amplificado ao acaso (RAPD). O dendrograma com base em agrupamento UPGMA foi construído utilizando uma matriz de similaridade derivada de 96 fragmentos polimórficos de RAPD gerados por 19 iniciadores. Alto polimorfismo foi detectado entre os acessos e o número de fragmentos por iniciadores/acesso variou de 2 a 8. Fragmentos únicos foram observados em dois acessos, Murraya e Feroniella oblata. Dentro da subtribo Citrinae, os gênerosPoncirus, Microcitrus, Severinia eAtalantia foram mais distantes de Citrus, enquanto o gênero Fortunella foi o mais intimamente relacionado. As espécies cítricas foram agrupadas em um cluster isolado, incluindo possíveis espécies híbridas, e os dados não apóiam a separação nos subgêneros Citrus e Papeda. Os dados gerados revelaramse úteis para a análise da variabilidade em Citrus e gêneros relacionados e são consistentes com relatos da literatura. Embora a técnica de RAPD, por vezes, tenha sido criticada, ainda pode ser usada com sucesso conforme mostrou este estudo, sendo ferramenta útil e eficiente para a análise da variabilidade de espécies cítricas. As informações geradas têm sido usadas como base aos programas de melhoramento genético de citros, envolvendo a coleção de germoplasma.

Palavras-chave

Aurantioideae, polimorfismo de DNA, marcadores moleculares, caracterização de germoplasma.
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