Citrus Research & Technology
https://citrusrt.ccsm.br/article/doi/10.5935/2236-3122.20120009
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Note

Reported Single Nucleotide Polymorphisms on the 16S rRNA Gene do not support Haplotypes of “Candidatus Liberibacter asiaticus”

Análises de polimorfismos de SNPs no gene 16S rRNA não confirmam haplótipos de "Candidatus Liberibacter asiaticus"

Warrick R. Nelson

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Abstract

“Candidatus Liberibacter asiaticus” (Las) causes huanglongbing, also known as citrus greening, in citrus crops widespread across the major citrus production areas of the world, especially Asia, Brazil and southern USA. Some studies suggest that single nucleotide polymorphisms on the 16S rRNA gene represent haplotypes and that these represent strains within geographic regions. Re-analysis of all available accessions of the rDNA sequences deposited in GenBank and identified as Las fails to support the reported presence of unique strains based on this taxonomically important rDNA sequence. Therefore geographically described strains also fail.

Keywords

alpha-proteobacteria, geographic variation, haplotype, huanglongbing

Resumo

Candidatus Liberibacter asiaticus” (Las) causa o huanglongbing, também conhecido como greening, em pomares localizados em áreas de produção de citros importantes do mundo, especialmente na Ásia, Brasil e sul dos EUA. Alguns estudos sugerem que polimorfismos de nucleotídeos no gene 16S rRNA representam haplótipos, sendo estes representados por estirpes dentro de regiões geográficas. Uma nova análise de todos os acessos disponíveis das sequências de rDNA depositadas no GenBank e identificadas como Las não confirmou a presença de estirpes únicas relacionadas com as regiões geográficas.

Palavras-chave

alpha-proteobacteria, variação geográfica, haplótipo, huanglongbing
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